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Aufgewachsen in dem kleinen Dorf Juazeiro zeigte João Gilberto schon früh Interesse für Musik. Mit 14 begann er, Gitarre zu spielen, und leitete schon ein Jahr später eine Schülerband, die bei Festen und Hochzeiten in der Region spielte. Als 18-Jähriger übersiedelte er nach Salvador da Bahia, nahm dort an Talentshows der Radiosender teil und wurde 1950 von der Band Garotos da Lua engagiert, die täglich in einem Sender in Rio de Janeiro spielte. Wegen seiner Unzuverlässigkeit - oft kam er verspätet oder überhaupt nicht zu Terminen - wurde er ein Jahr später wieder gekündigt. Eine Weile schlug er sich mit Gelegenheitsarbeiten in Rio de Janeiro durch und gab sich ansonsten dem Marihuana hin. Erst als Luís Telles, Leiter der Band Quitandinha Serenaders, ihn nach Porto Alegre brachte und ihn dort unterstützte, um Engagements zu finden, widmete er sich wieder intensiv der Musik. Nach Erfolgen in verschiedenen Nachtclubs zog Gilberto sich für mehrere Monate zurück, lebte bei Verwandten in Minas Gerais und entwickelte dabei schließlich einen neuen Stil des Gitarrespielens aus den Rhythmen der Perkussion des Batucada und des Samba.
Nach seiner Rückkehr nach Rio de Janeiro lernte er den Sänger und Komponisten Antônio Carlos Jobim kennen, spielte mit ihm, und sie nahmen für Gilbertos Debüt-Album (1959) zwei Stücke gemeinsam auf: das richtungsweisende Chega de Saudade (No more Blues), das auch dem Album seinen Titel gab, und Bim-Bom. Weitere Lieder dieser Veröffentlichung, die später zu Standards im Repertoire von Musikern auf der ganzen Welt wurden, waren Desafinado und Samba de uma nota só (One Note Samba). Bis 1961 nahmen Gilberto und Jobim noch zwei weitere gemeinsame Alben auf und schufen aus der Verbindung von Samba Canção und Cool Jazz die Bossa Nova (port. Neue Welle).
1962 reisten Gilberto und weitere Bossa-Nova-Musiker erstmals in die USA. 1963 nahm er in New York City gemeinsam mit Jobim, seiner Frau, der Sängerin Astrud Gilberto, und dem Saxophonisten Stan Getz das Album Getz/Gilberto auf. Das 1964 erschienene Album, nicht zuletzt das darauf enthaltene Stück The Girl from Ipanema, machte die Musiker und die Bossa Nova weltbekannt.
João Gilberto kehrte 1980 nach Brasilien zurück. Seine Ehe mit Astrud wurde 1964 in New York geschieden, und er heiratete 1965 die Sängerin Miúcha (Heloísa Buarque de Hollanda). Ihre gemeinsame Tochter Isabel „Bebel“ Gilberto (geb. 1966) ist ihrerseits eine international bekannte Sängerin geworden.
Zu den eindringlichsten Veröffentlichungen Gilbertos aus der jüngeren Zeit zählt João Voz e Violão, wo er ohne Band, nur mit Gitarre und Gesang, zu hören ist (Wikipedia).
Vom französisch-schweizerischen Filmemacher Georges Gachot kam 2018 der Film "Where are you, João Gilberto?" heraus. Die Geschichte folgt dem Buch des deutschen Journalisten Marc Fischer mit dem Titel "Hobalala. Auf der Suche nach Joao Gilberto" (AbH).